牛北方博士受邀参与2020第四届中国医学检验实验室高峰论坛&第三届生物信息分析应用论坛并作专题报告

2020-08-31 littleblack

2020第四届中国医学检验实验室高峰论坛&

第三届生物信息分析应用论坛



8月26日-28日,2020(第四届)中国医学检验实验室高峰论坛&2020(第三届)生物信息分析应用论坛在浙江宁波圆满举办。

求臻医学

大会聚焦前沿技术、临床应用标准化和生信开发,吸引了来自医院临床、第三方医检、IVD企业、科研机构、实验室仪器耗材供应商、云服务供应商、政府监管及投资机构的嘉宾近600人共聚一堂。


求臻医学首席信息官牛北方博士受邀参会并针对“NGS-MSI检测方法”做了精彩的报告,同时主持了“生信开发最新应用进展”专场,在会上就“生信如何推进肿瘤早期筛查”进行了探讨。
求臻医学

NGS—MSI检测方法


微卫星不稳定(MSI)肿瘤对免疫点检查抑制剂的治疗响应高,2017年,FDA验证了MSI作为免疫治疗的广谱生物标志物,当前MSI检测已经被多个临床指南确定为必要步骤。目前临床上采用MSI-PCR以及MMR-IHC方法探测MSI由于检测位点或蛋白较少,无法准确预测病人的MSI状态,造成一定程度的假阴性结果,从而导致部分癌症病人失去了免疫检查点抑制剂的治疗机会,因此迫切需要更精确的MSI状态探测方法。
牛北方博士研发了首个基于NGS数据检测患者MSI状态的算法MSIsensor,它的问世不仅直接对肿瘤患者的诊断与预后有重要意义,也指明了一个基于MSI位点区reads分布的偏移特征进行NGS-MSI检测的算法研发新方向,此分布偏移特征被应用于国际上多家肿瘤精准医学公司MSI检测产品的研发。2017年,美国顶级癌症中心MSKCC团队利用12,288例实体肿瘤的NGS大panel测序数据证实MSIsensor比当前临床病理检验方法更加敏感和可靠,并且适用于所有的癌症类型,该项评估结果发表于ASCO旗下的精准肿瘤学期刊JCO Precision Oncology上。同年11月,美国FDA批准了来自MSKCC的首个基于NGS的大panel泛癌基因检测分析平台产品MSK-IMPACT,官方批文中明确了MSIsensor为用于探测样本微卫星状态的算法,并指出MSI状态的衡量标准为MSIsensor score。
当前MSIsensor已经成为NGS-MSI检测的事实标准,来自MSKCC的美国国家医学科学院院士Kenneth Offit团队利用MSIsensor结合1,040晚期癌症患者,指导了患者的诊疗与预后(Mandelker et al. 2017, JAMA,近五年SCI影响因子:47.677)。ICGC执行董事既英国医学科学院院士Andrew V. Biankin及其团队利用MSIsensor证实了癌中之王——胰腺癌中MSI的比例为1%,并为一直没有治愈希望的胰腺癌提供了值得探索的诊疗思路(Humphris J. L. et al. 2017, Gastroenterology,近五年SCI影响因子:18.785)。美国临床肿瘤学会(ASCO)遗传学和基因组学委员会联席主席及2019年美国顶级医师奖获得者Zsofia K. Stadler团队通过MSIsensor结合免疫组织化学,鉴定了15,054个不同癌种中Lynch的发病频率,明确了MSI-H/MMR-D可表征更广泛的Lynch综合症( Latham A. et al. 2018, Journal of Clinical Oncology,近五年SCI影响因子:25.597)。国际著名的肿瘤学家及MSKCC实体瘤中心主任Luis Diaz团队,利用MSIsensor验证了MSI中插入缺失突变负荷的累积与新抗原的产生有关,可以更好的剖析MMR缺陷型患者对anti PD-1免疫疗法的反应(Mandal R. et al. 2019, Science,近五年SCI影响因子:44.372),并于文中特别指出MSIsensor是经过业界验证过的可靠算法。

求臻医学

求臻医学首席信息官牛北方博士作报告
牛北方博士详细介绍了MSIsensor家族的系列衍生算法,分别为基于人工智能技术的适用于单肿瘤测序数据和外周血游离DNA(cfDNA)测序数据进行MSI状态检测的软件MSIsensor2与MSIsensor-blood。MSIsensor2对各类型测序数据广泛适用,且对于测序深度30X以上、肿瘤纯度10%以上的样本检测准确率高达99%,在采用高性能计算技术优化后,速度相较于MSIsensor提升了10倍以上,典型的WES数据可以在180秒内完成检测,内存占用仅80M左右。MSIsensor-blood对ctDNA含量0.1%以上的cfDNA测序数据检测准确率也高达99%以上。需要特别指出的是,MSIsensor2与MSIsensor-blood都展现了较优的panel适用性,任何包含10个以上训练模型的panel检测样本MSI状态的精度达到95%以上,足以满足产业应用需求


据不完全统计,截止目前,MSIsensor/MSIsensor2/MSIsensor-blood系列算法已经被超过200余篇论文引用,且被应用于超过20个国家的473个基因检测企业产品、药企的研发和科研团队的项目中,实际检测超过115,000例癌症病人的MSI状态,助力于多个重要的科学发现,为人类癌症的精准诊治做出了一定贡献。

作为专注肿瘤多基因检测的国家高新技术企业,求臻医学基于生物信息学及高通量测序平台,全面布局肿瘤液体活检领域,未来将借助自身技术优势,持续深耕细作,为更多肿瘤患者带来福音。