血液系统肿瘤高通量基因检测
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急性髓细胞白血病(AML)基因检测
疾病简介
AML(急性髓细胞白血病)是包括所有非淋巴细胞来源的急性白血病。是成人最常见的急性白血病,年发病率:3-4例/10万人。AML是一个具有高度异质性的疾病群,它可以由正常髓系细胞分化发育过程中不同阶段的造血祖细胞恶性转化而来,起源于不同阶段祖细胞的急性髓细胞白血病具有不同的生物学特征。
AML的诊断及预后评估等涉及多种方法学,最常用到的是形态学、免疫学、细胞遗传学及分子生物学。临床指标、染色体、融合基因、免疫标志都具有良好的预后价值,并且染色体具有独立的预后价值。但是,在AML中仅有40%-50%的患者有染色体异常,因此通过高通量测序的方法(NGS)对患者进行基因突变的检测,为患者提供进一步的预后指标十分重要。
AML的分子生物学特点
染色体联合基因突变对AML进行整合的预后分型:在染色体基础上,基因突变可以进一步使预后分型更为精确
DNA的甲基化异常多见于AML患者中
伴NRAS或KRAS基因突变的AML患者可从大剂量AraC化疗获益
CEBPA仅见于AML,占AML的6~15%,占染色体正常AML的15~18%
约50%的AML患者为正常核型,无标志性融合基因,对这部分患者来说,基因突变是一个很有前景的预后指标。
参考文献:N Engl J Med. 2016, 374(23): 2209-2221
产品检测内容
产品检测意义
产品特点
适用人群
未明确疾病类型的初诊患者
治疗意愿强烈,希望通过基因检测获得最佳诊疗建议的患者
有移植需求的患者
复发难治患者
送检流程
检测周期:从实验室接收样本起8-11个自然日
样本要求
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骨髓增生异常综合征(MDS)基因检测
疾病简介
MDS(骨髓增生异常综合征)是一组起源于造血干细胞的恶性克隆性疾病,特点是造血细胞发育及分化异常,表现为无效造血、难治性血细胞减少、造血功能衰竭,在一般人群中,MDS的发病率约为每年每10万人4.9例。
MDS的诊断及预后评估等涉及多种方法学,最常用到的是形态学、细胞遗传学及分子生物学。IPSS-R积分系统更新中了更多的染色体异常,但是目前只有50%左右的患者存在细胞遗传学异常,并不包括反映肿瘤细胞生物学特点的分子遗传学信息。因此补充分子生物学的检测,尤其通过高通量测序的方法(NGS)对于MDS的诊断、预后及用药评估等十分重要。
MDS患者的分子亚群检测有助于提示其预后分层和预处理方案的选择
图A:突变基因与患者年龄之间的关系;基因TET2、DNMT3A、SRSF2、SF3B1、PPM1D突变在老年人中明显多于儿童和年轻人,基因GATA2、PIGA、SBDS相比在年轻人中更常见。
图B:40岁以下患者根据PIGA、GATA2或SBDS突变状态的整体生存曲线。40岁以下有复合杂合SBDS突变的患者明显比没有这种突变的患者生存时间短N Engl J Med. 2017;376:536-47
MDS的分子生物学特点
90%MDS患者至少存在≥1个基因突变
涉及多种机制,如表观遗传学调控、RNA 剪切、DNA 修复、信号转导等多种过程
最常受累基因有SF3B1、TET2、SRSF2、ASXL1、DNMT3A 、 RUNX1和ROBO等(基因突变频率均在10%以上)
产品检测内容
产品检测意义
产品特点
适用人群
未明确疾病类型的初诊患者
治疗意愿强烈,希望通过基因检测获得最佳诊疗建议的患者
考虑进行造血干细胞移植的患者
送检流程
检测周期:从实验室接收样本起8-11个自然日
样本要求
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急性淋巴细胞白血病(ALL)基因检测
疾病简介
急性淋巴细胞白血病(ALL)是儿童期最常见的恶性肿瘤,是一种起源于B系或T系淋巴祖细胞的肿瘤性疾病。成人急性白血病:占20%-30%;儿童急性白血病:占75%-80%。
原始细胞在骨髓异常增生和聚集并抑制正常造血,导致贫血,血小板减少和中性粒细胞减少,原始细胞也可侵及髓外组织,如脑膜、性腺,胸腺、肝、脾,或淋巴结等,引起相应病变。
ALL复发后如果不能再次获得完全缓解或部分缓解,移植成功率明显比AML差,所以及时判断ALL的预后尤其重要。
基因突变检测可辅助判断 Ph-like ALL 患者的预后
图A:Ph-like CRLF2+、Ph-like non-CRLF2、Ph+ALL、B-other ALL患者的临床结果显示CRLF2+组的5年生存率为20%,Ph-like CRLF2+组的患者预后最差。需要新的治疗策略来改善这些患者的预后。
N Engl J Med. 2017;376:536-47
ALL的分子生物学特点
75% 的儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)有重现性染色体和/或基因异常
大多数ALL的基因突变累及基因PAX5、IZKF1、EBF1、LMO2、CDKN2A/2B、PTEN、RB1、BTLA、CD200、TOX、NR3C1、TBL1XR1、ETV6、ERG等
BCR-ABL1 like ALL 主要发生于B细胞分化发育的Pre-B阶段(BCP-ALL),相关的缺失包括IKAROS、E2A、EBF1、PAX5、VPREB1等
T-ALL常见激活性NOTCH1基因突变,超二倍体,染色体易位导致转录因子基因异常,如: TLX1(HOX11)、TLX3 (HOX11L2)、LYL1、TAL1、MLL等
产品检测内容
产品检测意义
产品特点
适用人群
早期治疗反映差的T-ALL患者
复发的ALL患者
治疗意愿强烈,希望通过基因检测获得最佳诊疗建议的患者
考虑造血干细胞移植手术的患者
送检流程
检测周期:从实验室接收样本起8-11个自然日
样本要求
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骨髓增殖性肿瘤(MPN)基因检测
疾病简介
MPN(骨髓增殖性肿瘤)是以骨髓一系或多系髓系细胞(粒、红、巨核系)持续增殖为特征的一组克隆性造血干细胞疾病。MPN主要见于成人,发病高峰常在50-70岁,年发病率为6-9/10万。
MPN的诊断及预后评估等涉及多种方法学,最常用到的是形态学、细胞遗传学及分子生物学。在MPN的诊断中,费城染色体的发现让分子遗传学的特征在疾病的诊断方面越发重要,除此之外,疾病相关的更多的分子特征逐渐被证实。因此补充分子生物学的检测,尤其通过高通量测序的方法(NGS)对于MPN的诊断、预后及用药评估等十分重要。
MPN的分子生物学特点
所有的CML患者都会出现合并Ph染色体或BCR-ABL融合基因阳性
97%-99%真性红细胞增多症(PV)患者都有JAK2的激活突变
50-60%的原发性血小板增多症(ET)或原发性骨髓纤维化(PMF)患者出现JAK2 V617F突变
ASXL1基因突变多见于CMML患者中
70%JMML患者有累及GM-CSF信号传导途径的突变,如如NRAS、KRAS、CBL等
MPN的基因组亚群和表型特征
根据区分患者亚群的驱动突变进行亚分类,确定了骨髓增生性肿瘤中的8个基因组亚群
参考文献:N Engl J Med. 2018, 379(15): 1416-1430
产品检测内容
产品检测意义
产品特点
适用人群
未明确疾病类型的初诊患者
治疗意愿强烈,希望通过基因检测获得最佳诊疗建议的患者
有移植需求的患者
送检流程
检测周期:从实验室接收样本起8-11个自然日
样本要求