宏基因组测序 |
宏基因组学(Metagenomics),也称元基因组学,利用新一代高通量测序技术(NGS)以特定环境下微生物群体基因组为研究对象,在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上,可进一步探究微生物群体功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系,发掘潜在的生物学意义。与传统微生物研究方法相比,宏基因组测序技术规避了绝大部分微生物不能培养、痕量菌无法检测的缺点,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。 |
优势: |
丰富的项目经验 |
先进的拼接技术 |
物种注释广泛 |
应用: |
人体领域 |
环境(空气,水体,土壤) |
工业领域 |
宏转录组测序技术 |
宏转录组测序技术(Metatranscriptomic
sequencing)通过对特定时期、特定环境样品中所有微生物群落的转录本进行大规模高通量测序,可以直接获得环境中可培养和不可培养的微生物转录组信息。这种技术不仅具有宏基因组技术的全部优点,可以检测环境中的活性微生物、活性转录本以及活性功能进行研究,还可以比较不同环境下的差异表达基因和差异功能途径,揭示微生物在不同环境压力下的适应机制,探索环境与微生物之间的互作机理。 |
优势: |
丰富的项目经验 |
先进的拼接技术 |
物种注释广泛 |
应用: |
人体领域 |
环境(空气,水体,土壤) |
工业领域 |
微生物多样性测序 |
微生物群落多样性分析是利用二代高通量测序技术,通过测定微生物的16S
rDNA、18S
rDNA以及ITS高变区域序列信息来分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和结构,揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度、进化关系,进一步探讨微生物多样性;该技术对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的应用意义。 |
16S
rDNA测序:16S
rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,采用HiSeq或最新的MiSeq测序仪,对16S
rDNA某个高变区进行测序,通过生物信息分析环境微生物中细菌或古细菌的多样性。 |
18S
rDNA测序:18S
rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和高变区,保守区反映生物物种间的亲缘关系,高变区反映物种间的差异。 |
ITS测序:ITS分为两个区域:ITS1/ITS2,其中ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1或者ITS2进行测序,通过生物信息分析环境微生物中真菌多样性。 |
优势: |
读长长 |
周期短 |
性价比高 |
应用: |
人体领域 |
环境(空气,水体,土壤) |
工业领域 |