摘要

免疫检查点抑制剂（ICIs）目前作为非小细胞肺癌的重要治疗手段，在术前或晚期一线及后线治疗可为部分肺癌患者提供非常显著的获益。然而依然有部分患者接受免疫治疗疗效不佳或者后续耐药，因此需要了解免疫治疗耐药发生的潜在机制，以期更好的选择合适的患者并发现新的提升ICIs疗效的治疗靶点和策略。本研究显示，TET2基因突变的非小细胞肺癌患者接受免疫治疗其OS获益显著（HR 0.15；95%CI，0.03-0.90；P<0.05）、TET2和FANCA基因突变出现互斥，FANCA 突变的NSCLC患者的OS较差（5.5个月和14.5个月，P<0.05），这些发现将进一步提升分子检测在NSCLC免疫治疗的重要意义，会有更多的患者获益于分子检测。  

研究背景

程序性死亡配体1（PD-L1）蛋白表达是转移性肺癌一线帕博利珠单抗单药治疗唯一获批的标记物，但纳武利尤单抗和阿特珠单抗的治疗作用却与PD-L1表达水平无关。利用NGS识别影响ICIs治疗反应和耐药的基因改变（GAs）很有前景，Meta分析显示，与化疗相比，EGFR突变肿瘤ICIs治疗的总生存（OS）无改善，KRAS和KEAP1/NFE2L2共突变是OS较短的独立预后因素，STK11/LKB1突变等GAs被认为是KRAS突变肺腺癌对ICIs原发耐药的驱动基因，PD-L1表达增加与TP53突变和MET扩增相关。目前，不同非小细胞肺癌（NSCLC）研究中，GAs与ICIs结果的相关性变化很大，需进一步验证。而且识别ICIs治疗后长生存患者的特异性突变将有助于探索影响ICIs疗效的信号通路，开发新的治疗策略。

研究方法

回顾性分析接受ICIs治疗的晚期NSCLC，收集OS（从ICIs开始）、病理学和基因组改变（GAs）信息，包括NGS数据、TMB和PD-L1水平。采用Chisquare和Fisher精确检验、Log-rank检验比较人口统计学和生存曲线。采用单变量和多变量COX比例风险模型进行生存分析。

研究结果

共纳入346例NSCLC，单变量和多变量分析发现，OS与如下三个因素相关：PD-L1表达≥50%（风险比[HR]，0.19；95%可信区间[CI]，0.06-0.59；P<0.01）、EGFR（HR 7.38；95%CI，1.15-47.42；P<0.05）和TET2（HR 0.15；95%CI，0.03-0.90；P<0.05）突变（图1）。12例TET2突变患者（12/108，11%）的OS尚未达到，无TET2突变患者（98/108，89%）的OS为11.5个月。TET2和FANCA的GAs相互排斥，FANCA GAs患者（6%）的OS较短（5.5个月和14.5个月，Log-rank 检验，P<0.05）（图2）。

图1. PD-L1、EGFR 和TET2 的GAs与OS。（A）不同 PD-L1 （B）EGFR突变和（C）TET2 突变下的OS曲线

图2.（A）FANCA  GAs和（B）CDKN2A/B GAs与OS

讨论

这项研究探索了ICIs NSCLC患者的临床和分子特征与生存的关系。与既往研究一致，EGFR突变患者（n=50，16%）的OS（7.8个月）差于EGFR GAs阴性患者（14.8个月）。PD-L1≥50%患者的OS（尚未达到）长于PD-L1 1%–50%（12.2个月）或PD-L1阴性患者（6.9个月）。然而，由于PD-L1≥50%患者更可能一线采用ICIs治疗，因此疗效可能受治疗线数影响。EGFR突变肿瘤不能从ICIs治疗获益的机制尚不清楚，最近一项T细胞受体库分析表明，与无EGFR突变肿瘤相比，EGFR突变肿瘤的克隆性T细胞扩增率较低。真实世界研究也证实了PD-L1≥50%和EGFR突变对ICIs治疗的影响。这项研究中检测到的前3位GAs分别是TP53（50%）、KRAS（28%）和LRP1B（26%），均与OS无关。据报道，STK11突变与ICIs耐药相关，但这项研究未发现STK11突变（31/243，13%）与OS相关，也未发现TMB与OS相关，可能与样本量有限有关（n=52）。

单因素分析中，FANCA GAs患者（8/132，6%）比阴性患者（124/132，94%）的OS更差；CDKN2A/B缺失患者（13/132，10%）比无CDKN2A/B缺失患者（119/132，90%）的OS更差（7.1和 14.7个月，P<0.05），但多因素分析中无显著差异。FANCA是范科尼贫血复合物的核心成分，对DNA损伤修复非常重要，包括FANCA在内的DNA损伤反应和修复基因的GAs与转移性肾细胞癌对PD-1/PD-L1治疗的高反应率相关，靶向DNA损伤反应蛋白已被证明在小细胞肺癌中可通过激活STING通路增加PD-L1表达并增强PD-L1阻断剂的抗肿瘤作用。这项研究中，ICIs治疗的FANCA突变患者的生存较差，可能是不同机制引起。据报道，FANCA突变可致成人免疫缺陷，并可能由于累积的DNA复制压力而导致淋巴生成受损。这项研究中，18例患者（18/241，7%）检测到BRCA2 GAs，但OS与之无相关性。DNA损伤修复基因GAs在肺癌ICIs治疗中的作用值得进一步研究。

这项研究发现，TET2突变患者的OS延长（未达到和11.5个月，P<0.05），并在多变量COX模型中得到证实。TET2编码在表观遗传修饰中非常重要的TET脱甲基酶，TET2失活属于功能丧失突变，可增加自我更新和扩张，TET2被认为是肿瘤抑制基因。TET2通过促进CD8+T细胞分化决定 CD8+T细胞的命运。最近有研究显示，TET2的CAR-T细胞治疗慢性淋巴细胞白血病获完全缓解。

这项研究中，12例患者的TET2基因全部为非同义突变，其中4例为无义突变。这些突变的功能很少报道，但因可引起氨基酸/蛋白质变化，因此有潜在致病性。TET2突变在实体瘤和ICIs疗效中的作用尚不清楚。这项研究中，肺腺癌和鳞癌均可检测到TET2突变，肿瘤细胞而非免疫细胞可检测到PD-L1，12例TET2突变患者的PD-L1水平从≥50%（n=4）到阴性（n=4），2例未检测，2例1%-<50%。TET2突变对肺癌免疫细胞PD-L1表达的影响尚不清楚。TET2突变肿瘤可能改变了表观遗传学或代谢，影响肿瘤微环境、T细胞功能和抗肿瘤反应。既往观察到TET2突变与IDH1/2突变相互排斥，而TET2和FANCA突变相互排斥尚未报道。使用cBioPortal查询公共数据库发现，TET2 GAs和FANCA GAs相互排斥在全癌种和全肺癌研究中均存在，相互排斥机制仍不清楚，可能源于TET2与FANCA启动子结合并上调其基因表达。TET2突变以及FANCA GAs在NSCLC ICIs中的作用尚未完全明确。ICIs治疗的TET2突变患者有更长OS以及与FANCA GAs的相互排斥表明，需进一步研究TET2和FANCA，TET2可能是改善NSCLC ICIs治疗疗效的靶点。

点评

本研究再次证实了EGFR突变和PD-L1≥50%对ICIs疗效的预测作用，并首次发现了TET2突变与接受免疫治疗后较长的OS相关、TET2和FANCA基因突变相互排斥，这些改变有可能成为潜在的预测标志物和改善NSCLC ICIs治疗疗效的新靶点。ChosenOne599覆盖了TET2、FANCA及所在信号通路其他重要基因的全部外显子区域，可大幅提高突变检出率，为尝试ICIs治疗的晚期NSCLC患者提供更多参考信息。经求臻医学数据库（肺癌）检索分析确认，TET2及FANCA基因的突变频率均大于1%（与西方人群数据存在一定差异），晚期NSCLC患者在接受免疫治疗前强烈推荐检测包含上述两个基因在内的免疫治疗标志物以评估接受免疫治疗的获益概率。

参考文献：

Dan Zhao, Isa Mambetsariev, Haiqing Li et al. Association of molecular characteristics with survival in advanced non-small cell lung cancer patients treated with checkpoint inhibitors. Lung Cancer. 2020;146:174-181.